Kad mu je otac umro, Franjo je naslijedio titulu vojvode od Gandije i veliko bogatstvo. Oženio se i imao osmero djece.
Dana 28. listopada 1510. godine u blizini Valencije u Španjolskoj rođen sv. Franjo Borgia. Otac mu je bio praunuk pape Aleksandra VI. Borgije, a majka unuka kralja Ferdinanda Aragonskog. Kad mu je otac umro, Franjo je naslijedio titulu vojvode od Gandije i veliko bogatstvo. Oženio se i imao osmero djece. Međutim, kad mu je umrla supruga, Franjo se odlučio zarediti.
Svoju vojvodsku titulu i bogatstvo prenio je na svog sina nasljednika. Pristupio je novostvorenom isusovačkom redu. Zbog njegovog aristokratskog položaja ponuđeno mu je da postane kardinal, no on je to odbio, želeći se posvetiti propovijedanju. Ipak, prijatelji su ga nagovorili da preuzme vodeću ulogu, pa je 1565. postao generalom isusovačkog reda (general je osoba na čelu čitavog isusovačkog reda). Vodio je skroman i pobožan život i već za života je smatran svecem.
