Posljednje riječi pape Ivana Pavla II. bile su na poljskom jeziku i navodno su glasile: “Pozwólcie mi odejść do domu Ojca” (hrv. “Dozvolite mi otići u Očev dom”).
Dana drugoga travnja 2005. godine u 21 sat i 37 minuta umro je papa sv. Ivan Pavao II., u svom stanu u Vatikanu. Uzrok smrti bio je zastoj srca uslijed hipotenzije i nedovoljne cirkulacije izazvane septičkim šokom. Sepsa je, pak, bila uzrokovana ranijom urinarnom infekcijom. Posljednje papine riječi bile su na poljskom jeziku i glasile su: “Pozwólcie mi odejść do domu Ojca” (hrv. “Dozvolite mi otići u Očev dom.”).
Nekoliko dana prije papa je primio bolesničko pomazanje od svog prijatelja i tajnika Poljaka Stanisława Dziwisza (danas kardinal nadbiskup Krakowa). Dok je papa umirao, deseci tisuća ljudi okupili su se na Trgu sv. Petra u Rimu. Papa je ostavio pisanu oporuku, u kojoj je izričito tražio da ne bude pokopan u lijesu, nego jednostavno u zemlju. Želja mu je ispunjena i pokopan je ispod crkve sv. Petra.
Na papinom sprovodu okupio se najveći broj stranih državnika u povijesti (više nego na ranijim sprovodima Tita i Churchilla). Ivan Pavao II. proglašen je blaženim 1. svibnja 2011. godine. Njegovi posmrtni ostatci kasnije su iskopani i smješteni u jedan od oltara crkve sv. Petra u Vatikanu, kako bi se vjernicima olakšalo njegovo štovanje, čime je Crkva prekršila papinu posljednju želju.
