Nakon što je uništio carstvo Inka Francisco Pizarro odlučio je izgraditi prijestolnicu za novoosvojenu koloniju.
Na današnji dan 1535. godine zloglasni španjolski konkvistador Francisco Pizarro utemeljio je grad Limu, glavni grad države Peru. Naime, nakon što su 1532. godine Španjolci uništili carstvo Inka i ubili njihovog vladara Atahulalpu, Pizarro je počeo tražiti prikladno mjesto za osnivanje prijestolnice nove španjolske kolonije. Najprije je želio da mu središte bude u gradu Jauja, koji se nalazio visoko u Andama, no ta je zamisao ipak odbačena jer je Jauja bila smještena previsoko i previše udaljeno od obale.
Na kraju je nova prijestolnica osnovana u dolini rijeke Rímac, koja se nalazila u blizini Pacifika, imala dovoljne zalihe vode, mnogo obradive zemlje, te povoljne klimatske uvjete, a usto je bila prirodna luka. Ta je dolina bila nekadašnje središta drevne kulture Ychsma, koja je prethodila majanskoj. Ta nam je kultura poznata po ostacima oko 40 piramida koji se i danas nalaze na tom području. Ubrzo nakon što je osnovana, Lima je postala središte španjolskog Vicekraljevstva Peru. U početku je Lima bila poznata i kao Grad Kraljeva (španj. la Ciudad de los Reyes) zato što je odluka o njenom osnivanju donesena 6. siječnja, na blagdan Sveta Tri Kralja, no to se ime nije dugo održalo.
Već u kolovozu 1536. godine grad se našao pod opsadom pobunjenih Inka, no Pizarrovi vojnici i njihovi lokalni saveznici pobijedili su ih nakon žestokih uličnih borbi. Dana 3. studenog 1536. je španjolska kruna potvrdila osnivanje nove prijestolnice, a 7. prosinca je dobila svoj grb. Nakon toga se grad ubrzano razvijao – 1541. je postala središte biskupije, već 1543. središte kraljevskog suda (španj. Real Audiencia), 1546. je biskupija uzdignuta u nadbiskupiju, 1551. je dobila vlastito sveučilište (Sveučilište Svetog Marka), a 1584. prvu tiskaru. Glavni uzor urbanog razvoja Lime bila je Sevilla u Španjolskoj. Zanimljivo je da je današnju zgradu predsjedničke palače osnovao Francisco Pizarro i to na temeljima nekadašnjeg inkanskog hrama. Pizarro je osnivanje Lime smatrao jednim od svojih najvećih životnih dostignuća. Lima je do danas ostala prijestolnica i najveće prometno, kulturno i gospodarsko središte Perua, s preko 7,6 milijuna stanovnika.
