Sedmog travnja 1541. godine, točno na svoj 35. rođendan, sv. Franjo Ksaverski isplovio je na epohalno misijsko putovanje koje će ga proslaviti kao najvećeg misionara u povijesti Katoličke crkve nakon sv. Pavla. Zanimljivo je da je Franjo Ksaverski po nacionalnosti bio Baskijac, iz kraljevine Navarre na sjeveru Španjolske. Kad je sv. Ignacije Loyola (također Baskijac) osnivao Isusovački red, sv. Franjo Ksaverski bio je jedan od prvih 7 isusovaca.
Franjo je isplovio iz Lisabona prema Indiji. Uz brevijar i katekizam jedina knjiga koju je sa sobom ponio bila Marulićeva De institutione bene vivendi (hrv. Pouke za čestit život prema primjerima svetaca).
Na svojim putovanjima posjetio je Indoneziju i došao sve do Japana. Prvi Japanac koji je postao kršćanin bio je Anjiro, koji je zatim postao Franjin prevoditelj u toj zemlji. Japanski jezik predstavljao je veliku teškoću u širenju kršćanstva, pa se sv. Franjo uvelike oslanjao na pobožne slike. Oko 100.000 Japanaca prihvatilo je kršćanstvo, među njima i neki pripadnici visoke aristokracije. Međutim, kasnije su kršćani u Japanu proganjani i ubijani, pa su se povukli u tajnost.
Franjo Ksaverski pokušao je propovijedati i na kineskom kopnu, no Kinezi su bili neprijateljski raspoloženi prema misionarima. Sv. Franjo Ksaverski umro je na kineskom otoku Shangchuan 1552. godine, nakon više od 11 godina napornog misionarskog rada.
